Corresponde a este órgano ejecutar las acciones orientadas a velar por el estricto cumplimiento de las leyes y reglamentos que regulan el ejercicio de las Ciencias Agropecuarias y Forestales en el país y sobre todo porque no se ejerza la profesión ilegalmente; así como realizar diversas actividades tendientes a regular y mejorar el comercio de plaguicidas a través de las regencias agrícolas y de lograr un uso racional de los recursos naturales, por medio de las regencias forestales, entre otros.

Para el desempeño de estas funciones,  la Fiscalía Ejecutiva cuenta con un fiscal ejecutivo y profesionales miembros del Colegio, los que dedican su esfuerzo laboral al control y fiscalización de los aspectos que conciernen al ejercicio de la profesión en sus diferentes campos de acción, especialmente en aquellos en los que para su desempeño requieren autorización particular de la Junta Directiva.