En materia de plaguicidas, la Fiscalía Agropecuaria coadyuva con la Dirección de Protección Fitosanitaria del Ministerio de Agricultura y Ganadería, en el cumplimiento de la Ley de Protección Fitosanitaria N° 7664, mediante el seguimiento y control del programa de regentes agrícolas, que tiene fundamento en la Ley N°7221 y el Agropecuarias Decreto N°26503-MAG.

Para ello se efectúan inspecciones a los establecimientos que realizan diversas actividades con estos productos, los cuales se encuentran distribuidos en todo el territorio nacional, para fiscalizar las labores que ejecutan los miembros del Colegio que brindan los servicios regenciales, así como las acciones que se desarrollan en estos locales.

Esta labor de vigilancia se complementa con la creación del Registro de Establecimientos Agropecuarios que lleva la Fiscalía, cuya finalidad es controlar que los locales que se dedican al comercio de plaguicidas, cumplan con los requisitos que establece la normativa vigente.

Las Filiales Regionales  son órganos del Colegio establecidos en diferentes regiones del país, aprobados por la Junta Directiva y supeditados técnica y administrativamente a ésta, con el objetivo de proyectar la acción  del Colegio a nivel regional y de velar por los intereses, derechos y obligaciones de los colegiados.

Las Filiales desarrollan sus actividades en su región, de conformidad con lo establecido en la Ley Orgánica y Reglamento del Colegio y en el Reglamento Interno de las Filiales y con base en las disposiciones de la asamblea General y de la Junta Directiva del Colegio. 

El Colegio cuenta con tres Filiales Regionales ubicadas en:

• Filial Huetar Atlántica:       Guápiles, Pococí
• Filial Huetar Norte:             Ciudad Quesada, San Carlos
• Filial Región Brunca:         Pérez Zeledón

Con la creación del Colegio de Ingenieros Agrónomos, nace el Fondo de Mutualidad y Subsidios (F.M.S.), como un órgano adscrito que tiene como objetivo “Auxiliar a los miembros del Colegio”.  El monto del beneficio que actualmente otorga el FMS, por muerte del colegiado es de ¢ 3.500.000 (Tres millones quinientos mil colones)