De acuerdo con las disposiciones de la Ley Nº 7221, el Colegio de Ingenieros Agrónomos tiene potestad sancionatoria sobre sus miembros, la cual ejerce a través de la Junta Directiva cuando se trata del incumplimiento  de los deberes formales y más generales de la profesión  o por medio de la Fiscalía en lo concerniente  a los regentes, sean estos agropecuarios o forestales.  

Para apoyar al Tribunal de Honor, órganos directores de procedimiento y a la Junta Directiva, en el año 2007 se creó el Órgano de Procesos Disciplinarios Administrativos.  

El desarrollo de los procesos requiere del cumplimiento de una serie de etapas:

• Investigación preliminar: inicia con la recepción de la denuncia, pasando por la inspección de campo o revisión documental, hasta la redacción  de la denuncia correspondiente y traslado de la misma a los órganos competentes o incluso la desestimación  de la misma.

• Instrucción:  esta etapa la desarrolla el Tribunal de Honor por encargo de la Junta Directiva o por los órganos directores de procedimiento por designación del Fiscal del Colegio.  

• Resolución de recursos:   en esta etapa se atienden los recursos interpuestos por los colegiados después que se les notifica la resolución final.   

En este campo, entre otros aspectos, se efectúan estudios en instituciones de la administración pública y empresas del sector privado, para verificar si los puestos creados para ser ejercidos por profesionales en Ciencias Agropecuarias y Forestales, están siendo ocupados por miembros del Colegio y efectuar  las acciones pertinentes.